Aunque al año siguiente el objetivo era la permanencia en la categoría, el club consiguió resultados mejores de lo esperado y se clasificó para los playoff por el ascenso al terminar quinto en el grupo madrileño. Márquez inició un proyecto para sanear las cuentas del equipo, y el equipo logró el ascenso a Tercera División. El debut del Alcorcón en Segunda B se produjo en la temporada 2000/01, camiseta portugal mundial 2022 y el equipo apostó por una plantilla de futbolistas procedentes de equipos madrileños.
